La asociación Verdemr denuncia vertidos de aguas residuales procedentes de la zona baja de este arroyo, que a través de tuberías de pluviales van a parar a su tramo final, antes de desembocar en el litoral de la playa de El Burgo. Por los pronto ha demandando este hecho ante la Junta de Andalucía y el Ayuntamiento de La Línea.
"Estos hechos son frecuentes y están poniendo en riesgo el Medio Ambiente y la salud de los ciudadanos que frecuentan la playa", señala Verdemar abundando en que "los vertidos son cada vez más frecuentes por la presión urbanística descontrolada, sin que las promociones urbanísticas se hayan conectado a la red de saneamiento, estos van a parar a esta microrreserva natural". Este pequeño estuario, con aguas permanentes, está formado por confluencia del Arroyo Negro y su afluente Los Charcones y las escorrentías de agua procedentes de la Sierra Carbonera.
La asociación explica que esta microrreserva de humedal costero, denominada Arroyo Negro, "está siendo bombardeada con vertidos procedentes de las faldas de la Sierra Carbonera sin control". Es un humedal costero, incluido en el estado de Hábitats de Interés Comunitario de Andalucía (HIC) y de la zona marina, declarada como Lugar de Interés Comunitario (LIC). Las especies como el chorlitejo patinegro o el salinete, pez endémico en Andalucía, entre otras, se están viendo en peligro.