Posiblemente, una de las cosas con las que menos esperaba la Junta de Andalucía tener dolores de cabeza era con la gestión de las universidades públicas. Sin embargo, el consejero responsable, Rogelio Velasco, se ha encontrado a un conjunto de rectores unidos. Algo que ha obligado al Gobierno andaluz a modificar sus planes.
El principal problema que ha surgido durante estos meses ha sido el modelo de financiación. Los rectores no estaban de acuerdo porque el nuevo modelo - todos coinciden en que un modelo era necesario - creaba grandes desigualdades que hacían peligrar el futuro de varias de ellas. La primera consecuencia fue la dimisión del rector de la Universidad de Jaén como presidente de los rectores andaluces. El motivo es que mientras algunas universidades crecían en financiación, la suya - junto a otras - perdía recursos porque, aunque se mantuviese el 100% de financiación del año anterior, los gastos se incrementaban por ley.
Durante la noche del miércoles, la Junta de Andalucía publicó un acuerdo con todas las universidades que desbloqueaba la situación. Velasco ha explicado que el acuerdo "garantiza que no se producirá dificultades estructurales en ninguna universidad, ya que la cuantía acordada da cobertura más que suficiente para el incremento del 2,8 por ciento de los gastos de personal". Sin embargo, organizaciones críticas como la Plataforma Ciudadana en defensa de la Universidad de Jaén lo ha rechazado. La plataforma esgrime que "supone aplicar un modelo fallido que ha sido rechazado por todos los rectores andaluces". Por su parte, el PSOE lo ha calificado como un "bandazo" y una "enmienda a la totalidad" al propio modelo propuesto por la Junta.
Esta no es la única cuestión que está dificultando las relaciones entre el Gobierno andaluz y las universidades públicas andaluzas. La creación de nuevas universidades privadas en la comunidad preocupa a los rectores de la pública. No por el hecho de que sean privadas, sino porque no se les exige los mismos requisitos. El representante de la Universidad de Cádiz, Paco Piniella ha anunciado que en la comisión académica del Consejo de Universidades todos los rectores han vuelto a votar en contra de las nuevas universidades privadas, "esperemos que el presidente Juan Manuel Moreno cuente con nuestra voz. No queremos universidades sin requisitos de calidad".