"Si hay una vieja ciudad en España, esa es Cádiz, la ciudad trimilenaria, llena de arte, pero también de mucho misterio". De esta forma, Cuarto Milenio daba paso al especial sobre los misterios de la Tacita de Plata dentro de la sección El alma de las ciudades.
En el último programa, Iker Jiménez y los escritores Javier Sierra y Enrique de Vicente hicieron repaso a todos los misterios que esconde la capital gaditana. Misterios como el hallazgo en 1980 de la Dama de Cádiz, uno de los dos sarcófagos antropomorfos que se conservan en el Museo de Bellas Artes. Pelayo Quintero, el primer director de dicho museo, pensó que debía haber uno femenino tras el hallazgo de uno masculino en la necrópolis encontrada en la Punta de la Vaca.
Este arqueólogo incluso se llegó a comprar una casa en el lugar que pensaba que podía estar el sarcófago, pero no fue hasta después de su muerte cuando fue encontrado tras unas excavaciones que se realizaron. Curiosamente, el sarcófago se encontraba debajo del dormitorio de la casa que se había comprado Pelayo Quintero, fallecido en 1946.
En Cádiz, la ciudad donde "se escribe la historia de la España contemporánea", en palabras de Enrique de Vicente, se inició en la masonería Simón Bolívar, el histórico militar y político venezolano. En la calle Valverde hay una bóveda con simbología masónica. Masones modernos suelen acudir a Cádiz para rendir culto a esos primeros masones.
También la Tacita de Plata tuvo en su día una sociedad espiritista. El primer auto de fe contra el espiritismo tuvo lugar en Cádiz en el año 1857. Cientos de libros que trataban sobre el tema fueron quemados.
Otro de los temas abordados en Cuarto Milenio fue el avistamiento ovni sobre La Caleta en el año 1979. La posibilidad de que Cádiz tenga la respuesta del misterio de la Atlantis y de que sea la ubicación del mítico Templo de Hércules, uno de los santos griales de la arqueología fueron suposiciones analizadas en el programa.
La cripta de la Catedral también guarda misterios como el del cuerpo incorrupto de la niña que está vestida de comunión. Un cuerpo al que no se le ha hecho la prueba del carbono 14 y que podría datar del primer o segundo siglo de nuestra era. Hay quienes dicen que se conserva sangre junto a su cuerpo y la leyenda habla de que puede tratarse de la momia de Santa Victoria, una monja mártir que llegó desde Italia. Otra de las leyendas es que se trataba de una niña que acudía siempre a misa y que murió de forma fulminante al recibir la hostia consagrada el día de su Primera Comunión.
La Catedral gaditana, donde están enterrados Manuel de Falla y José María Pemán, cuenta con muchas reliquias, entre las que algunos expertos apuntan que se encuentra una de las espinas de la corona de Jesús de Nazaret.
Y hablando de misterios, no pueden faltar los fantasmas como el del indiano de la calle Sagasta, que intentaba comunicarse con los inquilinos. O el duende del barrio de La Viña. En la Hoja Oficial del Lunes del 9 de septiembre de 1935 aparece una noticia que indica que "el duende de Cádiz sigue produciendo alarma entre el pacífico y crédulo vecindario del popularísimo barrio de la Viña. Entre sus inquietantes andanzas se hace acompañar por otro fantasma que hace las veces de secretario y no le abandona jamás".